Graphes de Représentation Anatomique
et Fonctionnelle Individualisée
intégrant les Pathologies (GRAFIP)
Le but de ce projet est de développer une méthodologie
de modélisation de l'anatomie cérébrale saine et
pathologique pour des fins de planification et de suivi
thérapeutiques, d'enseignement de l'anatomie et de
structuration du Dossier Patient Numérisé dans le cadre
de la carcinologie cérébrale.
Ce projet comprend en premier lieu une modélisation des
structures cérébrales, assurée par des Graphes de
Représentation Anatomique et Fonctionnelle
Individualisée intégrant les Pathologies (GRAFIP). Outre
la modélisation du cerveau humain, cette description devra
intégrer la localisation de la tumeur, son type, son
positionnement anatomo-fonctionnel, sa segmentation quand elle est
bien délimitée, la description des structures
environnantes et de leurs relations spatiales, ainsi que leurs
déformations et infiltrations éventuelles.
La description GRAFIP proposée permettra de modifier les connaissances
anatomiques génériques pour les adapter aux spécificités du cas
étudié. Le modèle anatomique devient alors particulier, individuel,
et, point original du projet, inclut les zones pathologiques. Nous
proposons pour cela des graphes hiérarchiques représentant les
structures anatomiques et leurs relations spatiales, et des
représentations rapportées à des référentiels anatomiques et
fonctionnels. Les applications cliniques du GRAFIP porteront sur :
- la planification des traitements, assistance à la
chirurgie et aux traitements de radiothérapie (irradiation
stéréotaxique, radiothérapie conformationnelle) et suivi
thérapeutique ;
- la navigation
interactive annotée dans les examens IRM ;
- le support à l'enseignement de l'anatomie et de la médecine ;
- la description structurée du cas clinique, dans une
perspective de dossier patient numérisé.
À terme, la représentation GRAFIP fera l'objet de développements
d'outils d'indexation, de comparaison de cas et de fouille de données
sur une base de données d'images IRM interprétées.
Les sources du projet GRAFIP sont disponibles sur le serveur CVS du
département TSI (acces restreint).
Pour accéder aux sources, commencez par régler les variables
l'environnement suivantes :
avec sh, bash ou zsh :
export CVSROOT=:ext:monlogin@cvs-tsi.enst.fr:/home/cvs
export CVS_RSH=ssh
avec csh ou tcsh :
setenv CVSROOT :ext:monlogin@cvs-tsi.enst.fr:/home/cvs
setenv CVS_RSH ssh
Puis pour extraire les sources :
cvs co -P grafip
- JAVA :
GRAFIP est developpé en JAVA et nécessite donc un
environnement JAVA. Au département, sous linux, une
installation se trouve la :
/tsi/devel/linux-x86/sarge/jdk1.5.0_06
- cmake
:
cmake est nécessaire pour installer
ITK et VTK.
- VTK
:
Visualization ToolKit (v. 5.0)
- ITK
:
Insight Segmentation and Registration Toolkit
(v. 2.6)
Le module Cableswig (v. 2.6.0) est également requis pour
permettre le wrap de ITK en java.
- ITK ENST :
Ce projet regroupe les filtres utilisés dans GRAFIP qui ont été
intégrés dans le wrap java d'ITK. Les sources sont disponibles
sur le même serveur CVS que GRAFIP (les variables sont les
mêmes) :
cvs co -P itkenst
L'archive itkenst contient les scripts nécessaires à la compilation et
à l'installation des logiciels préreequis.
Installation Rapide:
cvs co -P itkenst
cd itkenst
build_linux.sh
cd ..
cvs co -P grafip
cd grafip
Note: Ordre de constructions des prérequis
Il est nécessaire d'installer cmake en premier lieu, puis
cableswig, avant de pouvoir compiler itk. Pour compiler
itkenst, il est nécessaire d'avoir une version d'itk,
qu'il faut donc compiler au préalable.
Pour vtk, seul cmake est nécessaire.
Enfin, pour compiler GRAFIP, il faut utiliser les bibliothèques
java générées par la wrap d'itk et de vtk.